La Secretaría está encabezada por el Secretario General y está organizada en cuatro dependencias orgánicas:
La Oficina del Secretario General
La Oficina de Vigilancia de los Recursos y del Medio Ambiente
La Oficina de Asuntos Jurídicos
La Oficina de Administración y Gestión
Las principales funciones de la Secretaría son, entre otras, las siguientes:
Preparar y presentar proyectos de textos, informes y otros documentos, análisis, resultados de las investigaciones, sugerencias y recomendaciones en materia normativa, etc.
Desempeñar servicios de secretaría para la Asamblea, el Consejo, la Comisión jurídica y Técnica y el Comité de Finanzas; proporcionar información y asesoramiento a la dirección de esos órganos y organismos y a las delegaciones; ayudar a planificar la labor de los períodos de sesiones, organizar los debates y redactar proyectos de informe;
Facilitar servicios de reuniones (como servicios de interpretación, traducción, reproducción de documentos y comunicados de prensa);
Elaborar publicaciones, boletines informativos y estudios analíticos;
Organizar reuniones, seminarios y talleres de grupos de expertos y prestarles los servicios necesarios;
Difundir información sobre las actividades y decisiones de la Autoridad;
Planificar los programas y asignar los recursos para que la Secretaría desempeñe sus servicios y funciones de manera efectiva, económica y eficiente.